Em 2012, foram produzidos cerca de 11,8 milhões de alevinos nos sete Centros Integrados de Recursos Pesqueiros e Aquicultura, administrados e operados pela Codevasf. No mesmo ano, foram realizados 33 peixamentos. Para 2013, a meta dos centros é subir a produção para 15 milhões de alevinos, sendo que 7 milhões, espécies nativas do Velho Chico, serão lançados no rio em 100 operações de soltura de peixes.
A construção de grandes barragens ao longo do rio São Francisco, como a de Três Marias, em Minas Gerais e a de Sobradinho, na Bahia, provocou o surgimento de obstáculos à migração reprodutiva dos peixes e restringiu acentuadamente as cheias à jusante dos reservatórios, reduzindo o enchimento das lagoas marginais que funcionam como berçários para dezenas dessas espécies.
Como consequência, houve acentuada diminuição dos estoques pesqueiros, assim como diminuição da biodiversidade de espécies de peixes da bacia hidrográfica, causando o quase desaparecimento de algumas delas, como o pirá (Conorhynchos conirostris), a matrinxã (Brycon orthotaenia) e o pacamã (Lophiosilurus alexandri).

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